これもハマった。
スクリプトで配置したインスタンスの name プロパティに名前を設定しても、
その名前を参照してインスタンスの操作は出来ない。
ではどうするか？
DisplayObjectContainer.getChildByName() を使う。
但し、戻り値が DisplayObject なので、MovieClip にキャストしてプロパティにアクセスする。
//example)
var myMC:MovieClip = new Ball();
addChild(myMC);
myMC.name = "redBall";
var targetMC:MovieClip = MovieClip(getChildByName("redBall"));
trace(targetMC.name);
targetMC.x = 0;